Ich denke es sollten alle Möglichkeiten einer Fehlerquelle überdacht werden.
Da ich keine gleichmäßige Entladung habe, ist für mich der Gedanke einer sporadischen Entladung die Logischste. Oder liege ich da falsch?
Natürlich schwöre ich nicht auf mein Messgerät, aber wenn in einer Autozeitung mein Gerät als Preis-Leistung-Sieger bezeichnet,
besteht damit ein Vertrauen auf die Zuverlässigkeit, selbst wenn die Messungen leicht von höherwertigen Geräten abweichen könnten.
Absolut verständlich, dass Du alle Möglichkeiten bedenken willst. Ging mir auch so.
Aber wer viel misst, misst Mist. Mein Raumthermostat zeigt im Display auch immer mehr an, je länger ich davorstehe (und in die Richtung ausatme). Und das ist von Bosch. 
Am internen Ladegerät wird es nicht liegen. Auf der Urlaubshinfahrt bin ich mit ca. 100 Stundenkilometer gefahren und der Accu wurde wie du geschrieben hast, leernuckelt.
Da ich so gut wie möglich, wenn ich schon fahre, umweltfreundlich fahren möchte, fahre ich langsamer und natürlich auch sicherer.
Auf der Rückfahrt bin ich um das Verhalten der Aufladung zu testen zwischen 120/130 Stundenkilometer sieben Stunden durchgefahren.
Zu Hause lag die Aufladung von zuvor 3% nun 78%, aber nicht wie ich gehofft hatte 100%.
Dies entspräche der Aussage eines Mitarbeiters der Werkstatt, der mir gesagt hat, dass der Accu wie beim Hybridaccu nicht zu 100% aufgeladen wird, um ihn zu schonen.
Das war für mich auch neu.
Ich vermute weniger Abschaltungen des Benzinmotors mit gleichzeitiger Aufladung haben dieses Verhalten ausgelöst.
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Der Corolla Hybrid hat gar keine Lichtmaschine. Das interne Ladegerät wird vom Hochvolt-Netz betrieben, und zwar unabhängig vom Verbrenner. Sobald das Auto in "Ready" ist, lädt die 12V-Batterie. Auch im Stand ohne (Verbrennungs-) Motor.
Das heißt, es ist völlig egal, wie schnell oder ob Du überhaupt fährst. Auto in "Ready" und stehen lassen reicht. Toyota empfiehlt einmal pro Woche für eine Stunde, wenn man nicht fährt.
Das Keyless werde ich wohl von drei auf einen Tag Standby umstellen lassen und im Ferienhaus in in sechs Wochen habe ich die Möglichkeit den Accu einmal zu rekonditionieren,
falls er bis dahin nicht ausgewechselt werden sein sollte.
Ab Werk ist das Keyless auf 5 Tage eingestellt. Wie gesagt, kann der FTH Dir das nur auf 3 Tage runterstellen. Wenn Du 1 Tag willst, musst Du das selbst machen mit einem geeigneten Tool wie Carista.
In meinem Arbeitsleben habe ich bei Fehlersuchen auch schon viele unlogische Fehler finden müssen.
Das glaube ich DIr gerne. Aber deswegen würde ich jetzt nicht die logischen Ursachen ignorieren und mich auf die unlogischen Fehler versteifen. Dein Auto steht zu viel und fährt zu wenig. Ganz einfach. Dazu das Keyless, das permanent hört, ob der Chef mit dem Schlüssel kommt. Und jetzt noch die Batterie selbst, die durch die Tiefentladungen gelitten hat. Du hast ja mal geschrieben, dass er einmal nicht mehr anging.
Es ist auch nicht so, dass nur Du betroffen bist. Nachdem sich die Probleme häuften und der Corolla Hybrid deswegen vom ADAC in der Pannenstatistik als Flop des Jahres gekürt wurde, hat Toyota reagiert und tauscht betroffene Batterien kostenlos aus gegen 52 Ah. Ab Werk war nur eine 45 Ah drin.
Aus eigener Erfahrung weiß ich, dass sie das nur tun, wenn der Batterietester beim FTH sagt "Defekt" oder "Austauschen",
Und übrigens: Toyota hat als Reaktion auf diese ADAC-Kritik nicht etwa eine sporadische Entladung ausgemacht und ein Update angeboten, sondern tauscht nur die Batterie aus. 
Wenn Du keine nachträglich eingebaute Alarmanlage, Dashcam mit Parküberwachung, OBD-Gadget oder ähnliches drin hast, erscheint mir diese Theorie viel zu unwahrscheinlich, um da weiter Zeit (auch vom FTH und von Toyota) reinzustecken.
Nachdem die Batterie wiederbelebt oder erneuert ist, würde ich bei längeren Standzeiten das Keyless ausschalten (im Menü vom Radio) oder halt auf einen Tag begrenzen lassen. Zusätzlich einmal pro Woche das Auto eine Stunde lang in Ready oder alternativ ab und an nachladen. Man muss auch nicht unbedingt das Auto in der Garage anmachen und in Ready stehenlassen. Man kann auch eine kurze Fahrt verlängern. Einfach am Ziel nicht ausschalten, sondern in Ready stehenlassen, solange man in Sichtweite vom Auto ist.
Dir auch einen schönen Sonntag und viel Erfolg.