Das, was MarioN sagt 
Um das in dem Fall vielleicht mal passend zu den Nummern verständlich zu erklären (ein Teil wurde eben schon genannt).
zu 1: Wie es geschrieben steht. Das Fahrzeug bekam eine Typgenehmigung und im Rahmen der Typgenehmigung wurden die Räder an dem Fahrzeug direkt mit geprüft und genehmigt.
Zu 2: Wie MarioN schon schrieb, kamen die Räder anscheinend erst nach der Typgenehmigung des Basisfahrzeugs auf den Markt. Der TÜV Rheinland schreibt im Gutachten entsprechend "Es wird geändert: Redaktionelle Änderungen und Aktualisierung der Genehmigungsnummer." Da es eine nachträgliche Änderung der Typgenehmigung ist, ist so bei Einsicht der ursprünglichen Genehmigung nicht erkennbar, dass das Fahrzeug mit diesen Rädern herumfahren darf.
Beispiel
Typgenehmigungs-Nummer e13*2007/46*2012*00, eine zugehörige Schlüsselnummer wäre 5013 / ANH00001. Dieses Fahrzeug darf laut Genehmigung ausschließlich mit 18-Zöllern unterwegs sein. Jetzt kommt Toyota Deutschland und sagt, dass sie für diesen Typ auch andere Räder genehmigen möchten. Das wird von einem technischen Dienst (in dem Fall TÜV Rheinland) begutachtet, der gibt seinen Segen. Der technsiche Dienst genehmigt allerdings nichts, daher muss eine Genehmigungsbehörde aktiv werden. Für Typgenehmigungen und Allgemeine Betriebserlaubnisse ist das das KBA in Deutschland. Und das KBA sagt dann eben, dass die vorhandene Typgenehmigung entsprechend geändert wird.
Da aus der eigentlichen Typgenehmigung aber nicht hervorgeht, dass jetzt auch bestimmte 16- und 17-Zöller auf diesem Auto gefahren werden dürfen, muss das passende Papier mitgeführt werden. Ich habe ähnliche Sachverhalte mehrfach schon bei Mercedes gesehen. Da wurde mir ein alter ML mit 20-Zöllern vorgestellt. Das System, welches auf die Typgenehmigung zurückgreift, meinte, dass das unzulässig wäre. Der Kunde hatte aber im Auto einen Nachtrag mitgeführt, so konnte ich die HU positiv abschließen.
Nebenbei: der Verweis auf § 20 StVZO ist hier zum Verständnis hilfreich, rechtlich aber falsch. Fahrzeuge mit einer nationalen ABE gibt es heute keine mehr (abgesehen vielleicht von irgendwelchen Spezialfahrzeugen) ^^. Daher verweist § 19 Abs. 7 auch auf EG-Typgenehmigungen, wie es auch in den Gutachten zu den Rädern steht.
Was ich mich an der Stelle eher frage: das KBA ändert eine Typgenehmigung, die aus Belgien oder Luxemburg kommt. Die Genehmigungsbehörde in Belgien oder Luxemburg ändert/erweitert/aktualisiert die eigentliche Typgenehmigung über Nachträge. Woher weiß jetzt der österreichische Toyotahändler, dass das japanische Auto, welches in UK gebaut und in Belgien genehmigt wurde, nachträglich von Toyota Deutschland einen Antrag auf Änderung der Typgenehmigung erfuhr und diesen auch genehmigt bekam? Du kaufst dir also in Österreich einen EU-Neuwagen, der in Deutschland mal erstzugelassen wurde. Der bekam vom dortigen Toyotahändler direkt andere (laut KBA zugelassene) Räder und dann importiert den Österreich für dich und du denkst: die Räder darf der doch gar nicht fahren (siehe Typgenehmigung). 
Zu 3 und 4: hab ich so noch nie gesehen. Sowas gibt es immer mal wieder für Anbauteile (Kotflügelverbreiterung, Spoiler, etc.). Für Räder sind mir solche Bescheinigungen unbekannt. Das werde ich mal an die Fachabteilung weiterreichen.