Es liegt an den Formaten selber. MP3 und AAC können eigentlich nicht unterbrechungsfrei abgespielt werden, weil sie nicht dafür ausgelegt sind. Die Dateiformate bestehen aus festen Blöcken, sodass am Ende einer Datei, automatisch leere Frames entstehen, weil die eigentliche Musik nicht bis zum Ende eines Blockes gereicht hat. Dazu führt der Kodiervorgang jeweils zu einer kurzen Pause am Anfang einer Datei. Im Laufe der Zeit hat man dann Player entwickelt, die den aktuellen Titel und den nachfolgenden Titel gleichzeitig abspielen, um so die Lücke zu überbrücken. Das war quasi nur die Notlösung, kein richtiger Übergang. Das ursprüngliche CD-Format CDA ist für unterbrechungsfreies Abspielen ausgelegt, funktioniert aber nur, mit bestimmten Softwareplayern oder wenn die Firmware des Players es zulässt.
Grundsätzlich sollten alle Lossless-Formate unterbrechungsfrei abgespielt werden können, was in unserem Fall also nur FLAC bedeutet. Dafür sollte dann aber keine billige Umwandlung eines anderen Formats als Quelle vorliegen, da man sonst wieder den leeren Frame mit in der Datei drin hat. OGG Vorbis und Apples ALAC unterstützen zwar die unterbrechungsfreie Wiedergabe, allerdings nur wenn die Software mitmacht.